股权合并时，公司需要缴纳的税费主要包括契税、印花税、企业所得税以及其他法律规定的税费。具体的税务处理方式分为一般性税务处理和特殊性税务处理。
一般性税务处理
1. 合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。
2. 被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
3. 被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
特殊性税务处理
1. 合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
2. 被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。
3. 可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额等于被合并企业净资产公允价值乘以截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
其他注意事项
合并企业接受被合并企业资产和负债时，原投资主体存续的情况下，对其合并后的企业承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。
新成立的企业，其新启用的资金账簿记载的资金，原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。
被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
在进行股权合并时，企业应依法向税务机关申报并缴纳相应的税费，任何偷漏税行为都将受到法律的制裁。