标书遗失后的退款流程如下：
与招标公司协商
首先应该与招标公司进行协商，看是否能够通过协商解决问题。如果协商成功，则可以直接进行退款。
确认密封情况
如果其他投标单位提出异议，需要和未密封好的标书所有者再次确认密封情况。若情况属实，则所有投标人在“递交标书登记表中密封情况说明”上签字确认，然后当场退还此标书，不再进入开标程序。
走法律途径
如果协商无果，可以寻求法律途径解决。可以先去财政局采购办投诉，因为财政局采购办是招标公司的监管部门。
联系收据开具单位
如果标书保证金收据遗失，建议直接和收据开具的单位直接沟通，按照对方的要求执行，或者写一个书面的承诺，确认之前的收据作废。
提交退款申请
如果需要走退款流程，首先需要提交退款申请，申请中应包括详细的个人或企业信息、投标的相关项目及编号、退款金额、退款原因等。
等待审核
相关部门会对退款申请进行审核，核实申请的真实性和合理性。这个过程可能需要3-5个工作日。
财务部门退款操作
审核通过后，财务部门会进行退款操作，退款方式可能包括银行转账、支票等。这个过程可能需要5-7个工作日。
保留相关证据
在整个过程中，应保存与投标和退款相关的所有文件和沟通记录，以备可能出现的纠纷。
建议：
尽量先与招标公司协商，如果协商无果，再考虑走法律途径或联系收据开具单位。
在提交退款申请时，确保所有资料完整、准确，并与相关部门保持及时有效的沟通。