农业银行银行卡被扣款可能有以下几种原因：
年费
银行卡的年费一般在开户次月第一次扣取，一年扣一次。
如果您的账户在年内刷卡次数未达到六次或更多，可能会被扣除年费。
小额账户管理费
如果您的账户日均余额不足300元，可能会被扣除小额账户管理费，该费用按季度收取，每季度3元。
短信通知费
如果您开通了短信业务或电话银行等服务，可能会按月扣除服务费。
自动续费
某些应用程序或服务的自动续费可能会导致银行卡被扣款。
补扣年费
如果系统在扣除年费时您的账户余额不足，可能会累计到次月补扣。
异地交易费
如果您异地使用银行卡，可能会收取异地交易费，存现按发生额的0.5%收取，最高收费50元；取现按发生的1%收取，最高收费100元。
信用卡自动还款
如果您持有的是农业银行信用卡并且设置了自动还款，系统可能会自动从您的账户中扣除应还款项。
系统故障或操作失误
有时候银行系统可能产生故障，或者由于银行职工操作失误导致误扣款，您可以去银行查询并咨询银行员工。
诈骗短信
有时候可能会收到诈骗短信，提示被强制扣除款项，但并非银行发送的扣款。
为了弄清楚具体原因，建议您采取以下措施：
查询银行卡的交易明细，查看扣款的具体原因和用途。
如果交易明细中没有明确说明，可以致电农业银行的客服热线进行咨询。
如果怀疑是诈骗行为，应立即报警处理。