申请廉租房存在以下弊端：
面积限制：
住房面积有限，如果申请人的共同申请人比较多，居住会比较拥挤，不利于人口多的家庭。此外，申请公租房的条件很多，审核很严格，申请会比较麻烦。
工程施工质量安全隐患：
一些政府部门为了加快当地廉租房的基本建设，在设计方案、工程施工、工程监理、质量检测、建筑装修材料等方面都不是很严格，因此存在房屋质量问题的安全隐患。
资产方面仍存在弱点：
建设资产融资和土地征用工作压力较大。
现行政策不完善：
我国廉租房的建设和应用整体上包含研究特点，包括现行政策、制度、保障业务规模、保障方式等。所以必须结合实际情况不断完善。
法律法规不完备：
现今的廉租房保障策略和政策都是以规范的文件方式发布，但不受法律法律法规的约束。
管理漏洞：
家庭和个人住房、收入以及金融资产等情况基础信息不足，核定有一定难度。一些地方在分配过程中存在申请弄虚作假、申报不实以及工作人员协助弄虚作假，不按规定程序和条件审批。
政策执行问题：
一些地方的政府由于考虑到廉租房供应将拉低房价，也会影响当地GDP增长速度，从而影响到官员的政绩考核，拒不执行廉租房政策。
配套政策不完善：
对享受廉租房政策的低保人员资格的认定和退出机制不完善。目前我国的统计与审核机制不够完善，对符合廉租房政策的保障家庭认定存在一定的漏洞。
法律建设滞后：
实际上现在相关住宅的法案基本处于停滞状态，一系列的措施并未完备，长远的计划不够充分，再加上重要的统计系统和监督机制不够完整，要想准确地调查被保障对象的收入难上加难。
廉租对象覆盖面狭窄：
需求旺盛与房源供给短缺并存。
综上所述，申请廉租房虽然有一定的优点，如减轻购房压力、抑制高房价等，但同时也存在诸多弊端，包括面积限制、安全隐患、政策不完善、管理漏洞等。建议申请人在申请廉租房时，要充分了解相关政策，确保自己符合申请条件，并注意可能存在的风险。