办理车辆灭失证明的地点是 登记地车辆管理所。具体办理流程如下：
准备材料 ：携带身份证、行驶证等相关证件。根据灭失原因准备相应证明
自然灾害：由自然灾害发生地的街道、乡、镇以上政府部门出具《自然灾害汽车损失证明书》。
火灾：由火灾发生地的县级以上公安机关消防部门出具《机动车火灾损失证明》。
交通事故：由交通事故发生地的县级以上公安机关交通管理部门出具灭失证明。
盗窃：由事故发生地的公安部门出具灭失证明。
提交申请：
到车辆管理所填写《机动车注销登记申请表》，并提交上述所有资料。
办理注销登记：
车辆管理所审核资料无误后，办理注销登记，并出具《报废机动车回收证明》。
领取注销证明：
携带《报废机动车回收证明》回到车管所，完成车辆档案的注销手续。
以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因地区和具体情况有所不同，建议提前咨询当地车辆管理所获取详细信息。