领导最怕的部门告状主要包括以下几类：
纪检部门
领导最怕受贿行贿的把柄和生活作风有问题的把柄，这些问题都可以向纪检部门反映。
纪委举报涉及贪腐问题，对干部来说是非常忌讳的，一旦问题坐实，可能会面临革职甚至刑事责任。
监察部门
监察委员会是国家的监察机关，对所有行使公权力的公职人员进行监察，调查职务违法和职务犯罪。
举报贪污腐败等违法行为可以向监察委员会进行投诉，一旦查实，相关领导将面临严重的法律后果。
劳动仲裁部门
虽然不是直接的纪检监察部门，但劳动仲裁涉及员工权益保护，一旦投诉，可能会对企业产生较大影响，进而影响企业的人事政策。
信访部门
信访部门是受理群众来信来访的专门机构，如果乡镇政府不作为或投诉无效，可以向上级部门信访。
综上所述，领导最怕的部门告状主要集中在纪检、监察和劳动仲裁等部门。建议举报时提供充分的证据，确保举报内容的真实性和准确性，以便相关部门能够及时调查处理。