当工程质量不合格时，可以采取以下几种处理方式：
修补处理：
对于某些未达到规范、标准或设计要求但可以通过修补达到要求的工程部分，可以采取修补处理的方法。这种方法适用于不影响使用功能或外观要求的缺陷。
加固处理：
主要针对那些危及承载力的质量缺陷，通过加固处理来提高建筑结构的承载力，使其重新满足安全性和可靠性的要求。
返工处理：
如果工程质量缺陷经过修补后仍无法满足规定的质量标准，或者不具备补救的可能性，则必须进行返工处理。返工处理意味着推倒重来，重新施工直至达到合同约定的质量标准。
限制使用：
在某些情况下，即使工程质量缺陷经过修补处理，仍无法保证达到规定的使用要求和安全要求，且无法返工处理，这时可能需要采取限制使用的措施，例如结构卸荷或减荷，以及限制工程的使用范围。
不作处理：
对于某些不影响工程或结构使用及安全的质量问题，如果经过分析、论证、法定检测单位鉴定和设计单位认可，可以选择不作专门处理。这通常适用于那些情况不严重，对工程或结构的使用及安全影响很小的质量问题。
承担修复费用：
修复后的建设工程如果经验收合格，发包人可以请求承包人承担修复费用。
违约责任：
因施工人的原因导致工程质量不合格的，施工人应承担无偿修理、返工、改建的违约责任，并可能需要承担逾期交付的违约责任。
损失责任：
如果因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
在处理工程质量不合格的问题时，应首先根据具体情况选择合适的处理方式，并严格按照相关法规和合同约定执行。同时，相关责任方应积极配合，确保问题得到及时有效的解决。