水环境问题主要包括以下几个方面：
水体污染：
由于工业废水、农业面源污染、生活污水以及城市径流等污染物直接排放到水体中，导致水质恶化。水体污染不仅影响水生生物和人类的健康，还会破坏水生态系统的平衡。
水资源短缺：
随着人口的增长和经济的发展，对水资源的需求不断增加，而水资源的供给却受到气候变化和不合理的水资源开发利用等因素的限制，导致水资源短缺问题日益严重。
水生态退化：
水体生态系统的结构和功能逐渐衰退，水生生物多样性急剧下降，水生植被退化，水体的自净能力减弱。水生态退化不仅影响水体的生态服务功能，还可能使水环境问题进一步恶化。
河湖萎缩退化：
由于人类活动的影响，部分江河断流，部分平原地区的河湖萎缩退化，导致水体自净能力降低，加重水体污染。
地下水超采：
由于地表水资源贫乏和水污染加剧，一些地区对地下水进行掠夺式开发，导致地下水位持续下降，形成地下水超采现象。
水土流失：
在水力、风力、地震、开垦等外部因素的作用下，造成水土资源和土地生产力的破坏和损失，导致土地资源破坏、耕地养分流失、减少农业耕作面积，并可能引发山洪泥石流灾害，威胁人民生命财产安全。
富营养化问题：
由于水体中营养物质增加，超过水体自净能力，导致藻类（如蓝藻、水绵、浮萍）爆发，引发水华等富营养化现象。
黑臭问题：
水体中有害物质浓度超过水体自身净化能力，导致水质急剧恶化，水体出现黑臭现象。
这些水环境问题往往相互交叉、互为因果，如河湖萎缩退化会降低水体自净能力，加重水体污染；地表水体污染会促使地下水超采和污染；水土流失也会导致水体污染等。因此，解决水环境问题需要采取综合性的治理措施，从源头减少污染物排放，恢复水生态系统的健康，保障水资源的可持续利用。